本系前身為族群關係與文化研究所（原成立於1995年）與民族文化學系（原成立於2001年），2010年（99學年度）二單位正式組織合併為「族群關係與文化學系」學士班、碩士班、碩士在職專班、博士班，為本校原住民民族學院中唯一培訓學士、碩士和博士之完整教學單位。本系目前專任師資共有13位，包括正教授5名、副教授7名，以及助理教授1名。本系著重於「族群關係」與「民族文化」的教學研究特色，整合社會學、人類學、文化／族群研究、歷史學、藝術等領域，致力探討當今族群關係與原住民族文化等相關議題。本系以東台灣作為教學／研究場域，強調原住民社會文化與地方研究，並推動地方議題、地方文化的創新構想。其中涵蓋了族群文化之發展與變遷、現代性與後殖民研究、原住民的歷史與文化、原住民生態、觀光、創意產業、族群之教育以及性別與階級、社區發展等課題。